A Dunamelléki Református Egyházkerület története a reformáció koráig nyúlik vissza: a XVI. század közepén alakult meg. A reformátorok nem (a magyar reformátorok sem) akartak „új egyházat” alapítani, kiszakadni az egyházból, hanem az egész egyháztestet, szervezetet akarták megújítani, az evangélium alapjaira visszavezetni, azonban a külső körülmények alakulása a szervezeti téren másként alakította a folyamatot. Ezt leginkább a Dunamelléki – akkor Alsó-dunamellékinek nevezett – reformátusok (és az itt élő más vallású népcsoportok) életének alakulása mutatja leginkább: e terület másfél évszázadon át (a XVI. század közepétől a XVII. század végéig) abban is eltért a többi magyar református testülettől – és más, az akkori Magyarországon kívül élő hittestvérekétől –, hogy teljes egészében török hódoltsági terület volt, ahonnan a korábbi középkori állami és egyházi igazgatásnak minden szerve elmenekült. Így a reformáció egyháza lett – miután a lelkeket megnyerte a megtisztított-megújított hitnek – a nép pásztora, a közösség életének irányítója, igazgatója.
Ehhez szervezettségre volt szükség. Ennek a szervezettségnek köszönhető, hogy az itt élő nép meg tudta őrizni magyarságát és keresztyénségét. Ebből a helyzetből érthető, hogy a Magyarországi Református Egyház – szemben más helvét irányú (református) egyházakkal meg kellett, hogy tartsa a püspöki rendszert. – Méltán írta tehát Csanádi Imre „Egy hajdani templomra” gondolva: „…a megtartódat benne becsüld, magyarság, ország lappangott itt, mikor nem vala ország: Ő árváit Isten vezérelvén hitben, lett Bástya és Bátorság…”
Az egyházkerület alakulásakor (A XVI. század közepén) egy volt a baranyai püspökséggel, amely 1608-ban elvált az északi részektől, de 1714-ben újból egyesült vele. Eredetileg öt egyházmegyéből állt: a kecskeméti, a pesti, a solti, a tolnai és a vértesaljai megyéből, majd 1629-ben a dunántúli egyházkerületből kivált külső-somogyi egyházmegyével, majd 1714-ben a baranyai superintendentiaval: az alsó- és felső-baranyai senioratusok (egyházmegyék) csatlakozásával nyolcra bővül. Az alsó-baranyai – bács-szlavóniai traktus túlnyomó része 1920-ban Jugoszláviához került. A budapesti egyházmegyének 1932-ben, a pestkörnyékinek 1938-ban történt megalakulásával az egyházmegyék száma kilencre növekedett.
Az Egyetemes Konvent 1952. február 29-én hozott 17. számú határozatával elfogadta az országos esperesi konferenciának az egyházmegyei határok „rendezésére” vonatkozó határozatát (amely az előző évben hozott államigazgatási rendelkezésen alapult, mint annak „végrehajtási utasítása”: az egyházmegyei határokat a politikai megyehatárokhoz kell igazítani, az esperesi székhelyeknek a politikai megyeszékhelyekkel kell megegyeznie – ahol a megyei egyházügyi tanácsos hivatala van. Ezzel „új” egyházmegyék jöttek létre, és a felső szinten (püspöki és főgondnoki) már 1948-ban megkezdett tisztogatást középszinten is „simán” végre lehetett hajtani, vagyis az államhatalom számára nemkívánatos egyházi (lelkészi és nem lelkészi) vezetőket eltávolítani és helyükre más, „megfelelő” személyeket ültetni. Ezen intézkedés végrehajtása nem csak az egyházmegyék határait érintette, hanem az egyházkerületi határokat is megváltoztatta: a külső-somogyi egyházmegye nagy részét a dunántúli egyházkerület kebelezte be, a megszűnt drégelypalánki egyházmegye Pest és Nógrád megyei része pedig a dunamelléki kerülethez került, az akkor feloszlatott tiszáninneni egyházkerületből a hevesi egyházmegye a dunamelléki kerülethez csatlakozott. Az ekkor határaikban átszervezett egyházmegyék nevei is megváltoztak (ezzel lehetett a leginkább indokolni az ezen a szinten is végrehajtott „őrségváltást”). Eszerint a dunamelléki egyházkerület egyházmegyéi így alakultak: bács-kiskunsági, baranyai, belső-budapesti, délpesti, északpesti, hevesi, külső-budapesti, tolnai és vértesaljai. 1955-ben a két budapesti egyházmegye újabb határrendezéssel Budapest-déli és Budapest-északi egyházmegyévé alakult. Majd 1957-ben, a tiszáninneni egyházkerület visszaállításakor a hevesi (később egervölgyi) egyházmegye nagy része kiszakadt a dunamelléki egyházkerületből, csak a hatvani és gyöngyösi járás maradt az északpesti egyházmegye keretein belül. Így 1957-től az alábbi nyolc egyházmegyéje van a dunamelléki egyházkerületnek: bács-kiskunsági, baranyai, budapest-déli, budapest-északi, délpesti, északpesti, tolnai és vértesaljai egyházmegyék.
Az egyházkerület élén kezdettől fogva püspök áll, az 1734. november 5-én összeült Bodrogkeresztúri Református Konvent határozatának végrehajtása óta a püspök mellett egyházkerületi főgondnok áll nem lelkészi vezetőtársként.
Dr. Ladányi Sándor ny. egyháztörténész professzor