A Magyarországi Református Egyház életében a kezdetektől kiemelkedő szerepet tölt be az ökumenikus és nemzetközi kapcsolatok ápolása. Minthogy a MRE nem állítja magáról, hogy Krisztus egyházának egyetlen igaz alakot öltése lenne, óhatatlanul nyitott minden keresztyén közösséggel, egyházzal és egyházi szervezettel való közösségre és együttműködésre, amelyik életében az igaz egyház jelei felismerhetőek, és amelyek Krisztus evangéliuma iránt elkötelezettek. A kálvini hagyományban élve, református identitásunktól elválaszthatatlan Krisztus egyháza egységének munkálása és az evangéliumról való hiteles tanúságtétel. A közösség mind egyházon belül, mind az egyházak között ajándék és feladat, amely arról a hitbeli meggyőződésünkről tanúskodik, hogy Isten Krisztusban megbékéltette magával a világot. A magyar reformátusság számára különösen is időszerű ez az ökumenikus belátás, hiszen a Magyar Református Egyház 2009. május 22-én kimondott zsinati közössége maga is egy olyan ökumenikus esemény, amely evangéliumi felelet ad a szétszakítottság botrányára. A MRE ugyanakkor nem az elvtelen és önfeladó ökumenizmus híve, nem támogatja az ideig-óráig tartó rossz kompromisszumokat, hanem a valódi együttműködést, a közös tanúságtételt, az igazi istentiszteleti közösséget és a kölcsönös elismerésen alapuló, a másik sajátos identitását elfogadó sokszínű egység elkötelezettje.

„A nemzetközi szervezetekben való szerepvállalás hűen tükrözi nem csupán az ökumené iránti elkötelezettségünket, hanem egyházképünket is. Ez különösen sürgető kihívás a Magyar Református Egyház létrejöttével, amely óhatatlanul érinti Krisztus egyházát, elsősorban is az európai protestáns ökumenét. Ahhoz, hogy a magyar reformátusságunk értékeit és egyházlátásunkat érvényesíthessük, itthon kell összefognunk a teológiai munkát azokban a teológiai és társadalmi kérdésekben, amelyek nem csak az ökumenikus szervezeteket, hanem minket is érintenek, s jótékony hatásuk lehet saját egyházunk tanügyi fejlődésére, társadalmi tanításának erősödésére." (A Zsinat ciklusterve, 2009-2014)

A nemzetközi kapcsolatok két fő területe a testvéregyházakkal folytatott teológiai és szakmai együttműködés, valamint a felekezeti és ökumenikus világszervezetekben, illetve azok bizottságaiban és munkacsoportjaiban való aktív részvétel.